Diketahui underpass Stasiun Yogyakarta sudah ada sejak tahun 1959, yang dibangun dengan panjang 65,8 meter dan lebar 3 meter.
Mulanya terowongan bawah tanah ini menggunakan tangga manual dengan dinding dilapisi keramik bernuansa putih.
Penumpang KA bisa melewatinya dengan berjalan kaki menyusuri underpass itu. Tapi kini setelah direnovasi underpass dilengkapi ekskalator.
Secara fungsional, pengoperasian kembali underpass tersebut agar para penumpang di Stasiun Yogyakarta dapat berpindah peron dengan lebih nyaman. Selain itu juga untuk meningkatkan keselamatan.
Direktur Utama KAI Didiek Hartantyo menyebut Stasiun Yogyakarta itu cukup istimewa karena Stasiun KA ini melayani berbagai kategori penumpang.
Di antaranya KA Jarak Jauh dengan jumlah penumpang sekitar 6 ribuan perhari, KRL dengan jumlah penumpang sekitar 5 ribuan.
Selain itu ada KA Bandara dengan jumlah penumpang sekitar 3 ribuan, dan KA Prameks dengan jumlah penumpang sekitar 3 ribuan per hari.
Dalam operasionalnya Stasiun Yogyakarta melayani 60 perjalanan KA Jarak Jauh, 42 perjalanan KA Bandara, 24 perjalanan Commuterline dan 8 perjalanan Commuterline Prameks.
Dengan kondisi kepadatan Stasiun Yogyakarta tersebut, maka keberadaan underpass ini dapat membantu menguraikan kepadatan penumpang.