Candi ini terdiri dari tiga bagian, yakni mahkota candi, tubuh candi, dan kaki candi.
Pada ruangan utama terdapat sebuah ruang utama dan tiga ruangan lainnya.
Khusus di ruangan utama pengunjung dapat menemukan sebuah patung setinggi 6 meter yang terbuat dari perunggu.
Ada lagi keunikan Candi Kalasan ini yakni dibuat dengan bahan perekat khusus, sebagai semen kuno dengan berbahan tradisional yang disebut vajralepha.
Fungsi vajralepha selain untuk merekatkan antara batu-batu dalam struktur candi, juga sebagai pelindung terhadap lumut dan jamur.
Dengan demikian, meski usia candi sudah berabad-abad, namun keberadaannya tetap bersih dan indah dipandang.
Vajralepha tidak mengandung unsur kimia, namun sudah ditemukan pada masa berabad-abad yang lalu.