Berdasarkan perjanjian yang disebut Palihan Nagari tersebut, Surakarta dipimpin Susuhunan Paku Buwono III. Sementara, Yogyakarta dipimpin Pangeran Mangkubumi yang kemudan bergelar Sri Sultan Hamengkubuwono I.
Dalam perjalanannya, trah Mataram Kasunanan Surakarta dan Kasultanan Yogyakarta terpecah kembali dengan lahirnya Kadipaten Mangkunegara di Surakarta, dan Kadipaten Paku Alaman di Yogyakarta.***